Nel 1996, in risposta alle sempre più frequenti proteste, i ministri dei trasporti francesi e italiani decidono di creare una commissione intergovernativa (abbreviata in CIG) utile per analizzare il progetto identificando i problemi legati alla sua costruzione, ridefinendolo e mettendo in evidenza gli studi e i preliminari necessari per la sua realizzazione. Alla settima riunione del comitato, si decide che altri 105 miliardi saranno assegnati per analisi e ricerche geologiche, ambientali ed economiche.
Nonostante la buona volontà, questa promessa non riuscirà a placare i militanti che, al contrario, continueranno a manifestare. Un esepio può essere quello del 2 marzo 1996, data che segna la prima grande manifestazione contro la linea TAV, la protesta si terrà a Sant'Ambrogio e riuscirà a riunire complessivamente circa 3000 persone.
Gli oppositori del progetto diventano sempre più insoddisfatti delle risposte da parte del governo. A causa di questo, nei successivi 18 mesi, la compagnia ferroviaria italiana sarà presa di mira da diverse azioni di sabotaggio. Il movimento "No TAV" è accusato di queste azioni, ma le indagini non sono mai state conclusive. Il movimento ha sempre affermato di non essere mai stato coinvolto in nessuno di questi atti, affermando che potrebbero essere movimenti isolati.
Nel 1998, di fronte a tutto questo tumulto, alcuni dubbi inizano a insediarsi nei due paesi. In Francia, il ministro dei trasporti sembra voler fare un passo indietro, considerando la possibilità di migliorare la linea esistente. Allo stesso tempo, in Italia, è invece l'amministratore delegato della compagnia ferroviaria che rivela di non avere abbastanza soldi per costruire la nuova linea.